Мирное существование канонерской церкви было прервано событиями 1917г.

Канонерская церковь была закрыта в 1929 г. и превращена в клуб. Однажды молодежь вернулась домой с танцев, но когда отошли от «клуба» увидели в окнах сияние. Подумав, что они забыли выключить свет, молодые люди вернулись. Каково же было удивление, когда, войдя под своды поруганного храма, они увидели, что электричество аккуратно потушено. Понять природу непонятного свечения комсомольцы так и не смогли. Конкретно от какой святыни шел нетварный свет – неизвестно.

Тогда иконы из храма были вынесены, фрески заштукатурены. Выброшенные иконы верующие старались спасти, уносили их по домам, это было непростое и даже опасное дело, в верующих стреляли. До сих пор это видно на иконе Преображения Господня – там имеется пробоина от пули красноармейца. Видимо, спасая икону, пострадал и ее «спаситель».

Иконы прятали на чердаках, в других тайных местах, но спасти удалось не все. Многое было просто уничтожено. Рассказывают про одного сектанта-баптиста, который на глазах у многих рубил иконы топором и сжигал их в печи. «Бог поругаем не бывает. Что посеет человек, то и пожнет» (Гал.6:7), воздаяние этому человеку пришло вскоре. Маленький сын этого  человека во сне упал с русской печи и попал в котел с кипящей водой. Ребенок обварился до смерти.

В поруганном состоянии церковь стояла очень долго. Но через новозаштукатуренные слои, фрески все равно чудесным образом проявлялись, обличая беззаконное дело, совершенное новой властью.

Однако, несмотря на никакие трудности, приход существует и живет. А поруганные иконы до сих пор украшают собой стены храма.